1. 巨乳头性结膜炎：
这是戴软性隐形眼镜经常出现的问题，80％以上的佩戴者都有可能存在，其原因跟镜片沉淀物的刺激，镜片对结膜的摩擦等因素有关。轻度巨乳头结膜炎对隐形眼镜的佩戴影响不大，中重度的巨乳头结膜炎则可以导致镜片不稳定，眼分泌物增多，异物感强烈，最后无法佩戴。中重度巨乳头结膜炎需要停戴隐形眼镜，进行药物治疗，恢复后建议改为日抛型隐形眼镜或者高透氧的硬性隐形眼镜。
2． 干眼症
配戴薄的、高含水量的长戴型软性角膜接触镜人群，或工作在干燥环境中的软性角膜接触镜配戴者，或隐形眼镜蛋白沉积很严重的配戴者都是干眼症的高危人群。此类干眼症患者有时可能毫无症状，眼部轻微的常见症状包括：眼部的干燥感、眼痒、异物感、易视疲劳，及配戴时间减少等；严重的会有眼红、流泪、眼部烧灼感等。治疗包括药物治疗如人工泪液，手术治疗如泪点栓塞术，物理治疗如热敷、瞬目训练等方法。
1) 人工泪液等润滑剂是治疗干眼的首选，但缺点是维持时间很短，干眼患者常见的抱怨就是：“这种药水只在滴下去的几分钟内有效！”；而某些含防腐剂的人工泪液，更会对角膜上皮产生影响，所以不能推荐给戴软镜的干眼患者使用；同时，患者要被告知：每天使用的次数要少于10次；过度使用人工泪液会对角膜产生毒性作用；明智的使用方法是“预防式疗法”，即在眼睛泪液完全干燥之前开始使用人工泪液。
2) 眼膏的持续作用效果要明显好于眼药水，但缺点是使用后会对视力有短暂的影响，所以最好在晚上睡觉之前使用。如一定要在白天使用，使用量应当控制在非常小分量。
3) 改变角膜接触镜镜片的材料和设计：适当改变配戴的角膜接触镜的材料和镜片设计，有时会对改善干眼的症状有作用。厚的、中等含水量的软镜会比薄镜片好。使用抛弃型角膜接触镜对干眼患者有帮助。由于RGP镜片不会从泪膜中吸取水分，RGP镜片对于干眼患者也很有效。
4) 使用泪点栓塞术（主要目的是保留住泪液），物理治疗，如睑部按摩、热敷、瞬目训练等方法，也是治疗干眼患者的辅助疗法之一，物理治疗在必要时每天可重复2～3次。
5) 改善环境因素：环境因素会对干眼患者配戴角膜接触镜的舒适度产生影响，如低湿度、低气压、空气污染都会使镜片更易脱水；通过增加室内的湿度，已经被证明对缓解干眼的症状有效；泪液中的脂质层对空气中的湿度很敏感，建议患者在家庭和办公场地使用空气湿度加强设备，空气过滤器的使用也会对缓解患者症状有帮助（通过减少空气中的悬浮颗粒）。在高湿度的环境中，有超过75％的软镜配戴者报告感到所有干眼症状的减轻。在室外配戴太阳眼镜，有时也会降低干眼患者的不适程度。对于严重的干眼患者，应建议配戴有防护罩的眼镜（类似于游泳时配戴的游泳镜）。
2. 角膜炎：角膜炎的发生取决于两个条件，
一是角膜表面有损伤，可以是擦伤或者角膜上皮的脱失；
二是镜片有污染，镜片污染通常来自于不干净的镜盒，有污染的手，不合格或过期的护理液。
角膜炎可轻可重，轻者通过治疗恢复以后可以继续佩戴隐形眼镜，但是要特别注意卫生问题，并且定期复查眼睛，重者可能遗留角膜疤痕，影响视力，并且无法继续佩戴，如果一定要佩戴隐形眼镜，要选用硬性透气性隐形眼镜来矫正，并定期复查。有两种比较严重的角膜炎要特别注意一下。
a) 绿脓杆菌感染的角膜炎，发病很急，分泌物粘稠，对角膜损伤大，可遗留永久性角膜疤痕。绿脓杆菌的来源只要来自于卫生间，坐便器等设施上。
b) 棘阿米巴感染的角膜炎，也是发病比较严重，不及时治疗可以留下永久性的角膜损伤。棘阿米巴原虫主要存在于土壤，自来水中，这类感染常见于用自来水清洗镜片镜盒，又不及时消毒的人
3. 角膜缺氧：角膜缺氧严格来说不是一种疾病，而是眼部的一种状态，佩戴隐形眼镜的人都存在一定程度的缺氧。
缺氧的原因是镜片阻断了空气氧气到达角膜的路径，所以镜片本身的透氧性至关重要。软镜的透氧主要通过镜片中的水份来传递，因此理论上来说软镜含水量越高越透氧，但是含水量高也带来了眼干，容易污染等问题。
硬镜的透氧主要通过材料本身来传递，所以硬镜可以做到比软镜更透气的程度。当镜片透氧性不足以提供角膜氧气时，角膜就会缺氧，典型表现是角膜微囊出现，甚至角膜水肿，免疫力下降，另外角膜内皮细胞会在角膜长时间缺氧后永久性丢失。虽然角膜缺氧不是一时可以观察到，也不是马上出现不良反应，但是角膜缺氧往往是各种眼部并发症的的诱因和基础。
