治疗原则首先应该去除病因，以局部用药为主，必要时辅以全身用药。
1）眼药水滴眼。
这是结膜炎最基本的给药途径。根据不同类型的结膜炎选用不同的敏感和有效眼药水。必要时可以使用眼药膏或眼用凝胶，因在结膜囊内停留时间长，可持续作用。
2）冲洗结膜囊。
急性结膜炎结膜囊内分泌物较多者可用无刺激的冲洗液冲洗结膜囊。常用的冲洗剂为生理盐水或3%硼酸溶液。
3）防止健眼感染。
两眼需同时用药时先点健眼或症状轻眼，头偏向患侧，勿使患眼分泌物流入健眼。
4）禁止包扎患眼。
因包扎可使分泌物滞留，结膜囊内温度升高，有利于致病菌的繁殖。
5）全身用药。
严重的细菌性结膜炎如淋菌性或衣原体性除局部用药外还需全身使用抗菌素。
6）注意休息和锻炼，增强抵抗力。
身体健康状态的改善，规律的生活作息及健康合宜的饮食都能使机体对抗外界感染的潜能提高。
